यह देखना बहुत आशावादी हो सकता है कि विचार-विमर्श के बाद कोई समझौता आकार ले रहा है, जिसमें मुख्य रूप से जाने-माने पदों की पुनरावृत्ति और कुछ नए, समझौता प्रस्तावों की बात तो दूर की बात है। आखिरकार, भुगतान संरचना और दरों, और डिजिटल अनुक्रम सूचना (डीएसआई) / आनुवंशिक अनुक्रम डेटा (जीएसडी) से लाभ-साझाकरण सहित मूलभूत मुद्दों पर क्षेत्रों में अलग-अलग स्थिति बनी हुई है।  

उदाहरण के तौर पर, बैठक की रिपोर्ट को अपनाने के दौरान, लैटिन अमेरिका और कैरेबियाई क्षेत्र (GRULAC) के एक प्रतिनिधि ने भुगतान दरों पर चर्चा को "फलदायी" नहीं बताया।  

भुगतान संरचना पर असहमति बनी हुई है। संधि की बहुपक्षीय प्रणाली में सभी फसल आनुवंशिक संसाधनों तक पहुँच के लिए केवल सदस्यता प्रणाली का समर्थन करने वाले लोग तर्क देते हैं कि यह पूर्वानुमानित और समयबद्ध तरीके से मौद्रिक लाभ-साझाकरण को बढ़ाने का एकमात्र तरीका है। पहुँच के लिए दोहरी व्यवस्था को प्राथमिकता देने वाले लोग, जो उपयोगकर्ताओं को सदस्यता और विशिष्ट आनुवंशिक संसाधनों तक एकल पहुँच के बीच चयन करने की अनुमति देते हैं, लचीलेपन की एक डिग्री की अनुमति देकर वाणिज्यिक उपयोगकर्ताओं को आकर्षित करने की आवश्यकता पर प्रकाश डालते हैं।  

GRULAC द्वारा सुझाए गए समझौते ने संभावित तरीके को रेखांकित किया: एकल-पहुंच विकल्प में अग्रिम भुगतान की एक डिग्री की आवश्यकता होने से, केवल सदस्यता प्रणाली के समर्थक दोहरे विकल्प के प्रति अधिक अनुकूल हो सकते हैं। फसल-विशिष्ट सदस्यता के लिए CGIAR प्रस्ताव के अलावा, यह एक ऐसी प्रणाली का वादा करता है जो उपयोगकर्ता-आधारित वित्तपोषण को आकर्षित करने के मामले में लचीली और कुशल दोनों है।  

जैसा कि बैठक के दौरान कई प्रतिभागियों ने उल्लेख किया, भुगतान संरचना पर चर्चा भुगतान दरों पर चर्चा से बहुत निकटता से जुड़ी हुई है। हालांकि दरों पर मात्रात्मक रूप से चर्चा नहीं की गई, लेकिन प्रतिभागियों ने साउथवेस्ट पैसिफ़िक द्वारा प्रस्तुत निर्णय लेने के लिए एक खाका का स्वागत किया, जिसने सीढ़ी को स्पष्ट किया जिसके अनुसार विभिन्न दरों में वृद्धि होनी चाहिए। 

बहुपक्षीय प्रणाली में खाद्य और कृषि के लिए पादप आनुवंशिक संसाधनों पर DSI/GSD के उपयोग से लाभ-साझाकरण संभवतः सबसे विवादास्पद मुद्दा बना हुआ है। जैसे-जैसे चर्चाएँ जारी रहीं, अफ्रीका ने मसौदा मानक सामग्री हस्तांतरण समझौते में DSI/GSD उपयोग से लाभ-साझाकरण आवश्यकता को शामिल करने की आवश्यकता दोहराई। उत्तरी अमेरिका ने, अपने हिस्से के लिए, DSI उपयोग से अनिवार्य लाभ-साझाकरण भुगतान के संदर्भों का विरोध किया, जो उस अंतर को दर्शाता है जिसे पाटने की आवश्यकता है। 

जुलाई 2025 में लीमा, पेरू में होने वाली कार्य समूह की पुनः बैठक से पहले तकनीकी जटिलताओं को स्पष्ट करने और राजनीतिक समझौते को सक्षम करने के लिए काफी काम किए जाने की आवश्यकता है। इसमें शामिल हैं: कानूनी विशेषज्ञों के स्थायी समूह के लिए प्रश्नों की एक श्रृंखला; एकल पहुँच के तहत लाभ-साझाकरण भुगतान से छूट पर एक गैर-पत्र; दरों और सीमाओं पर एक परिदृश्य नोट; और अगली बैठक के दौरान समझौता करने के लिए लचीलापन सक्षम करने और पदों को मजबूत करने के लिए क्षेत्रीय परामर्श।